MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 221

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018193	GC	3	6	23	28	0 %	0 %	50 %	50 %	398356355
2	NC_018193	GGC	2	6	46	51	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
3	NC_018193	CGGC	2	8	84	91	0 %	0 %	50 %	50 %	398356355
4	NC_018193	GGC	2	6	187	192	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
5	NC_018193	AAC	2	6	194	199	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356355
6	NC_018193	CTT	2	6	250	255	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356355
7	NC_018193	TCG	2	6	305	310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356355
8	NC_018193	CGG	2	6	334	339	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
9	NC_018193	CGA	2	6	375	380	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356355
10	NC_018193	GCG	2	6	448	453	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
11	NC_018193	GCC	2	6	482	487	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356355
12	NC_018193	CGT	2	6	508	513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356355
13	NC_018193	CGG	2	6	520	525	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
14	NC_018193	CCA	2	6	543	548	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356355
15	NC_018193	GCG	2	6	573	578	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
16	NC_018193	CAG	2	6	718	723	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356355
17	NC_018193	GAT	2	6	724	729	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356355
18	NC_018193	GC	3	6	734	739	0 %	0 %	50 %	50 %	398356355
19	NC_018193	GCG	2	6	753	758	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356355
20	NC_018193	TGA	2	6	771	776	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356355
21	NC_018193	TCGG	2	8	797	804	0 %	25 %	50 %	25 %	398356355
22	NC_018193	GCG	2	6	997	1002	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356356
23	NC_018193	CAG	2	6	1078	1083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018193	CGA	2	6	1098	1103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_018193	A	6	6	1202	1207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018193	TGC	2	6	1322	1327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_018193	CAA	2	6	1389	1394	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018193	AGG	2	6	1424	1429	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018193	CCG	2	6	1456	1461	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_018193	CCG	2	6	1471	1476	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_018193	GAG	2	6	1493	1498	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018193	CAG	2	6	1545	1550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_018193	GCG	2	6	1577	1582	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_018193	GATG	2	8	1625	1632	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018193	GAA	2	6	1676	1681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018193	AGC	2	6	1723	1728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_018193	TCG	2	6	1755	1760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_018193	T	6	6	1874	1879	0 %	100 %	0 %	0 %	398356357
39	NC_018193	GCA	2	6	1899	1904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356357
40	NC_018193	GCC	2	6	1935	1940	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356357
41	NC_018193	GA	3	6	2124	2129	50 %	0 %	50 %	0 %	398356357
42	NC_018193	CGC	2	6	2230	2235	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356357
43	NC_018193	GGC	2	6	2301	2306	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356357
44	NC_018193	CTG	2	6	2359	2364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356357
45	NC_018193	TC	3	6	2447	2452	0 %	50 %	0 %	50 %	398356357
46	NC_018193	GTG	2	6	2453	2458	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356357
47	NC_018193	GCT	2	6	2573	2578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356357
48	NC_018193	TTGC	2	8	2598	2605	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_018193	CG	3	6	2640	2645	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_018193	CTC	2	6	2720	2725	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_018193	GC	3	6	2764	2769	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_018193	CCG	2	6	2772	2777	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_018193	CAT	2	6	2796	2801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_018193	ACC	2	6	2857	2862	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356358
55	NC_018193	GCC	2	6	2865	2870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356358
56	NC_018193	GTC	2	6	2871	2876	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356358
57	NC_018193	CGC	2	6	2940	2945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356358
58	NC_018193	ATAAG	2	10	2948	2957	60 %	20 %	20 %	0 %	398356358
59	NC_018193	CT	3	6	2984	2989	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_018193	ATTT	2	8	3047	3054	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018193	TGC	2	6	3070	3075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_018193	AAAG	2	8	3151	3158	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018193	CAT	2	6	3175	3180	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_018193	GGT	2	6	3216	3221	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018193	GCG	2	6	3325	3330	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_018193	CGG	2	6	3432	3437	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356359
67	NC_018193	CCT	2	6	3505	3510	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356359
68	NC_018193	AT	3	6	3568	3573	50 %	50 %	0 %	0 %	398356359
69	NC_018193	CT	3	6	3623	3628	0 %	50 %	0 %	50 %	398356359
70	NC_018193	GAG	2	6	3629	3634	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356359
71	NC_018193	CGC	2	6	3712	3717	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356360
72	NC_018193	ATC	2	6	3740	3745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356360
73	NC_018193	GCG	2	6	3762	3767	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356360
74	NC_018193	GCT	2	6	3817	3822	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356360
75	NC_018193	CGA	2	6	3848	3853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356360
76	NC_018193	CTT	2	6	3889	3894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_018193	TGA	2	6	3954	3959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018193	GAG	2	6	3965	3970	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018193	GGC	2	6	4049	4054	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_018193	GCC	2	6	4128	4133	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_018193	GCT	2	6	4204	4209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356361
82	NC_018193	GAC	2	6	4212	4217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356361
83	NC_018193	CGG	3	9	4237	4245	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356361
84	NC_018193	G	7	7	4249	4255	0 %	0 %	100 %	0 %	398356361
85	NC_018193	TTG	2	6	4257	4262	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356361
86	NC_018193	TTG	2	6	4308	4313	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356361
87	NC_018193	TTC	2	6	4324	4329	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356361
88	NC_018193	GAT	2	6	4366	4371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356361
89	NC_018193	CAG	2	6	4413	4418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356361
90	NC_018193	AC	3	6	4472	4477	50 %	0 %	0 %	50 %	398356361
91	NC_018193	TCA	2	6	4599	4604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356361
92	NC_018193	GGC	2	6	4755	4760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356361
93	NC_018193	CG	3	6	4781	4786	0 %	0 %	50 %	50 %	398356361
94	NC_018193	GCAC	2	8	4806	4813	25 %	0 %	25 %	50 %	398356361
95	NC_018193	ATC	2	6	4818	4823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356361
96	NC_018193	CA	3	6	4829	4834	50 %	0 %	0 %	50 %	398356361
97	NC_018193	GGACA	2	10	4841	4850	40 %	0 %	40 %	20 %	398356361
98	NC_018193	GCT	2	6	4967	4972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356361
99	NC_018193	TGC	2	6	5052	5057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356361
100	NC_018193	GAGCAG	2	12	5075	5086	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	398356361
101	NC_018193	TGGCG	2	10	5203	5212	0 %	20 %	60 %	20 %	398356361
102	NC_018193	CGC	2	6	5222	5227	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356361
103	NC_018193	TGT	2	6	5292	5297	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356361
104	NC_018193	GCTGA	2	10	5376	5385	20 %	20 %	40 %	20 %	398356361
105	NC_018193	GC	3	6	5486	5491	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_018193	TCCTGC	2	12	5562	5573	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_018193	GAT	2	6	5610	5615	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018193	GGA	2	6	5676	5681	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018193	ATGG	2	8	5698	5705	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018193	GAA	2	6	5800	5805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356362
111	NC_018193	CG	3	6	5810	5815	0 %	0 %	50 %	50 %	398356362
112	NC_018193	GTC	2	6	5980	5985	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_018193	CGC	2	6	6054	6059	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_018193	GGT	2	6	6115	6120	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018193	AGG	2	6	6176	6181	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018193	TTG	2	6	6182	6187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018193	CTT	2	6	6394	6399	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356363
118	NC_018193	CTT	2	6	6401	6406	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356363
119	NC_018193	GTT	2	6	6436	6441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356363
120	NC_018193	GAA	2	6	6443	6448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356363
121	NC_018193	CTTT	2	8	6478	6485	0 %	75 %	0 %	25 %	398356363
122	NC_018193	CGA	2	6	6502	6507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356363
123	NC_018193	GCC	2	6	6511	6516	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356363
124	NC_018193	TCA	2	6	6583	6588	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356363
125	NC_018193	GTC	2	6	6677	6682	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356363
126	NC_018193	CTG	2	6	6766	6771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356364
127	NC_018193	GAT	2	6	6779	6784	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356364
128	NC_018193	CCA	2	6	6786	6791	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356364
129	NC_018193	AGC	2	6	6821	6826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356364
130	NC_018193	GCA	2	6	6838	6843	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356364
131	NC_018193	CGG	2	6	6854	6859	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356364
132	NC_018193	TGC	2	6	6978	6983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356364
133	NC_018193	ATG	2	6	6992	6997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356364
134	NC_018193	GCG	2	6	7016	7021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356364
135	NC_018193	TCA	2	6	7153	7158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356364
136	NC_018193	GC	4	8	7191	7198	0 %	0 %	50 %	50 %	398356364
137	NC_018193	CAC	2	6	7223	7228	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356364
138	NC_018193	CG	3	6	7236	7241	0 %	0 %	50 %	50 %	398356364
139	NC_018193	CCGG	2	8	7245	7252	0 %	0 %	50 %	50 %	398356364
140	NC_018193	CACCAT	2	12	7283	7294	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	398356364
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143	NC_018193	CCA	2	6	7374	7379	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356364
144	NC_018193	CG	3	6	7423	7428	0 %	0 %	50 %	50 %	398356364
145	NC_018193	GCA	2	6	7528	7533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356364
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178	NC_018193	ACG	2	6	9058	9063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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196	NC_018193	TCG	2	6	9926	9931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
197	NC_018193	CGATG	2	10	9954	9963	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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210	NC_018193	CGG	2	6	10642	10647	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356369
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221	NC_018193	ATC	2	6	11302	11307	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.